A Diretoria, órgão executivo central que administra, coordena e superintende todas as atividades da Faculdade, é composta pelo Diretor e Vice-diretor. Ambos são escolhidos no Conselho da Faculdade, entre os representantes de cada categoria (docentes, discentes e técnico administrativo), e nomeados pelo Reitor, na forma da lei, por um período de 2 (dois) anos, não sendo permitida mais que uma recondução consecutiva. Para assumir as funções, ambos deverão ser docentes do quadro efetivo da FALEST, com titulação, preferencialmente, de Doutor.